Muzeum rozpoczęło swoją działalność w 1929 roku z chwilą przekazania na ten cel budynku przy dzisiejszej ulicy Piłsudskiego przez rodzinę miejscowych patrycjuszy i kolekcjonerów sztuki – Koschwitzów. W obiekcie będącym bezstylową willą znalazły swoje miejsce bogate zbiory, w większości dary jaworskich mieszczan, organizacji cechowych, Bractwa Strzeleckiego m.in. tarcza bractwa kurkowego w Jaworze z 1811r., a także instytucji kościelnych. Było to typowe Muzeum Regionalne, stworzone na wzór szeroko rozpowszechnionej w XIX-wiecznych Niemczech formy gabinetów przyrodniczych i osobliwości.
Po II wojnie światowej muzeum wznowiło swoją działalność w roku 1949. W roku 1964 przeniesiono muzeum do gotyckiego zespołu poklasztornego oo. Bernardynów z końca XV w. Zespół składa się z kościoła p.w. NM Panny i klasztoru, który podczas remontu w latach 1976-1986 został zaadoptowany na cele muzealne. Zbudowany z kamienia i cegły, kościół jest późnogotycką budowlą halową, trójnawową. Podział wnętrza na nawy tworzą wysmukłe filary. Budowla posiada interesującą ścianę czołową dzieloną oknami i blendami, ozdobioną sterczynami. We wnętrzu zachowały się odkryte podczas remontu cenne XVI wieczne polichromie. Część klasztorna przylegająca do kościoła ufundowana została przez Jana v. Wardein na przełomie XV/XVI w. Klasztor z wewnętrznym dziedzińcem (wirydarzem) zbudowany jest na planie czworokąta, z którego biegnie w kierunku wschodnim arkadowy ganek, kończący się wieżą obronną wystającą poza odcinek dawnego muru obronnego miasta, za którym znajduje się dobrze zachowany fragment fosy. Klasztor przechodził różnorakie dzieje, często zmieniał użytkowników. Kościół po poświęceniu w 1489 roku użytkowany był przez zakon, a w okresie reformacji przez zbór ewangelicko-augsburski. Ostatni zakonnicy opuścili klasztor po kasacie zakonu w 1811 r. Od tego momentu aż po 1945 r. kościół służył m.in. za warsztaty, magazyny, zbrojownię i wozownię.
Od 1994 roku w kościele klasztornym mieści się Galeria Śląskiej Sztuki Sakralnej, którą tworzą dzieła sztuki rzeźbiarskiej i malarskiej. W części klasztornej eksponowane są od 1986 roku wystawy pokazujące głównie kolekcje muzeum w Jaworze, a także zbiory innych muzeów, kolekcjonerów prywatnych, dzieła współczesnych artystów polskich i zagranicznych. Muzeum jest od 1997 r. organizatorem Międzynarodowych Warsztatów Artystycznych i Wystawy Plastyki Artystów Euroregionu Nysa. Prowadzi także szeroką działalność oświatową: lekcje muzealne, odczyty, konkursy historyczne i plastyczne, wieczory poetyckie, koncerty. Od 1995 roku organizuje międzynarodowy festiwal muzyki kameralnej pod nazwą “Jaworskie Koncerty Pokoju” zobacz program http://koncertypokoju.pl/
